Trotz der Leichtigkeit und des hintergründigen Humors von „Murdoch Mysteries“ sehen sich die Protagonisten auf der Suche nach Gerechtigkeit nicht selten mit moralischen und ethischen Dilemmata konfrontiert. Als gläubiger Katholik kämpft Detective William Murdoch bei der Aufklärung von Verbrechen immer wieder mit den Spannungen zwischen Religion und Wissenschaft. Wenn beispielsweise eine junge Frau behauptet, Engel zu hören, muss Murdoch Fragen des Glaubens mit rationalen Erklärungen in Einklang bringen. Auch Murdochs geschätzte Kollegin Dr. Julia Ogden sieht sich immer wieder durch gesellschaftliche Normen herausgefordert. Die Gerichtsmedizinerin verkörpert in einem von Männern dominierten Beruf den Kampf für die Gleichberechtigung der Frauen. Mit ihrer Entschlossenheit und ihrem Mut ebnet sie den Weg für kommende Generationen.

„Murdoch Mysteries“ thematisiert aber auch Diskriminierung und Rassismus und zeigt gesellschaftliche Vorurteile auf, mit denen sich die handelnden Personen immer wieder auseinandersetzen müssen. So ringt Constable Crabtree mit seinen eigenen Wahrnehmungen im Falle eines rassistisch motivierten Mordes. Auch Inspector Brackenreid und Dr. Ogden spielen entscheidende Rollen, wenn sie sich in ihrem Streben nach Gerechtigkeit ihren eigenen Vorurteilen stellen müssen und sie die auch in dieser Zeit noch oft vorherrschende Diskriminierung anerkennen. Diese Themen bereichern nicht nur die spannenden Geschichten, sondern regen auch zum Nachdenken über Fragen von Moral und Gleichheit an, die bis in die Gegenwart reichen.